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1409年藏历正月，宗喀巴在拉萨发起一个大规模的祈祷法会(通称为“传召”)，历史上称之为“火龙年法会”。此后这种法会每年都举行，一直沿袭至今。同年，宗喀巴在拉萨以东的达孜县境内建立了甘丹寺，作为主寺，正式建立格鲁派。随后，他的门徒又在拉萨的西郊、北郊建立哲蚌寺和色拉寺，连同甘丹寺称为拉萨三大寺。再加上后来在日喀则修建的扎什伦布寺和在青海湟中县修建的塔尔寺，人们称为格鲁派的五大寺。这些寺院是宣传宗喀巴宗教改革思想的阵地。
在喇嘛教的各教派中，宗喀巴创建的格鲁派是最晚形成的一派。但由于宗喀巴所进行的宗教改革，恢复了佛教的权威及其号召力，既有僧侣广泛的拥戴，又适合统治阶级的需要而取得他们的支持，所以格鲁派后来居上，成为西藏佛教中最大的教派。藏文史籍高度赞扬宗喀巴和格鲁派，称其为“典范的教主”、“典范的正教格丹宗派规”。由于格鲁派僧人都戴黄色僧帽，所以汉语多称其为黄教。
宗喀巴去世后，传承他的事业的，是他的两个门徒：一个名叫根敦珠巴(1391—1474)，以后被黄教追认为第一世达赖喇嘛，相传系观世音菩萨化身；另一个名叫克珠杰，以后被黄教追认为第一世班禅，相传系无量光佛化身。
后来，在西藏的寺庙中，普遍都供奉着宗喀巴及其弟子的偶像，藏族人对宗喀巴的尊敬，其地位仅次于释迦牟尼佛。宗喀巴去世的日子，也成为西藏佛教中的一个节日，称为“燃灯节”。每年到了藏历十月二十五日晚上，人们都将燃着的灯放在窗台上，以纪念宗喀巴大师的圆寂。
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